Avant même le déclenchement des guerres de religion, le Languedoc s’affirme comme une terre d’accueil de la Réforme. Dès les années 1530-1540, ses villes commerçantes (Nîmes, Montpellier, Castres, Uzès) et nombre de villages voient circuler la prédication de Luther puis de Calvin. Par sa tradition de résistance (cathares, Vaudois), le Midi se dote d’un protestantisme dynamique, structuré autour de synodes provinciaux tenus parfois dans la clandestinité, parfois à visage découvert. À la veille de la première guerre de religion, les protestants représentent 20 à 25 % de la population languedocienne, avec des « capitales » protestantes comme Montauban, Montpellier ou Nîmes. Cette implantation urbaine et rurale, en cheville avec la petite noblesse locale très acquise à la cause huguenote, sera un facteur décisif dans l’intensité des affrontements à venir.
L’étincelle initiale jaillit à l’échelle nationale avec le massacre de Wassy (Champagne, mars 1562), puis se propage dans le Midi. Dès avril, le Languedoc bascule : à Nîmes, la population protestante se soulève et occupe la ville, chassant catholiques et autorités royales. En mai, Montpellier passe aux mains des huguenots. À Toulouse, en revanche, la réaction catholique est sanglante (août 1562) : on estime que plus de 3 000 Protestants meurent en quelques jours (source : Bulletin de la Société de l’Histoire du Protestantisme Français). Les prises et reprises urbaines s’enchaînent avec leur cortège de massacres : le « Michelade » de Nîmes (septembre 1567) en restera une tragique illustration. Les campagnes, elles aussi, sont gagnées par la guerre civile – églises détruites, fermes incendiées, familles dispersées.
La première guerre prend officiellement fin avec la paix d’Amboise (mars 1563), accordant la liberté de culte aux protestants, mais dans un nombre restreint de lieux (souvent loin des grandes villes du Languedoc). Cette apparente pacification ne convainc guère les acteurs locaux. Dans les faits, la plupart des places protestantes maintiennent leur autonomie, tout en renforçant fortifications et milices. Chiffres révélateurs : en 1564, le synode provincial rassemble plus de 120 communautés protestantes dans le seul Bas-Languedoc (source : P. Cabanel, Histoire des protestants en France). Mais la méfiance, la peur de l’autre, l’économie exsangue, sont le quotidien de milliers d’habitants, protestants ou catholiques.
Le Languedoc devient le laboratoire d’une singularité : l’existence de véritables « villes-refuges » protestantes. Entre 1567 et 1570, malgré les menaces, ces bastions affirment leur autonomie :
Quelque 69 places-fortes sont officiellement reconnues au Languedoc lors de l’Édit de Nantes (source : A. Encrevé, La France protestante), mais nombre de « bourgs » servent aussi de refuges à la population réformée.
Ce serait trahir la réalité historique que de limiter les guerres de religion à un conflit urbain ou de sièges. Les campagnes languedociennes – Cévennes, Garrigues, Piémont – sont le théâtre d’épisodes particulièrement violents. Entre 1562 et 1598, environ 200 temples protestants sont érigés, détruits, puis rebâtis selon les fluctuations de la domination confessionnelle (source : Les Protestants du Midi, J.-P. Chabrol). Les violences sont souvent exercées par des bandes armées, seigneurs de guerre locaux, ou catholiques zélés. La rumeur, la peur, l’impossibilité de faire confiance au voisin, deviennent des réalités habituelles ; certains villages changent de camp plusieurs fois dans le même mois. L’émigration vers Genève, ou plus loin, gagne des dizaines de familles nobles et bourgeoises : à Uzès, la population baisse de 18 % entre 1562 et 1570 (source : P. Cabanel). Les solidarités, toutefois, se tissent : on note l’apparition de « consistoires ruraux », embryons d’une organisation communautaire originale, et de réseaux de soutien spirituel et matériel.
La nuit du 24 août 1572, la Saint-Barthélemy, trouve en Languedoc une résonance féroce. À Lavaur, Gaillac, Castres, la nouvelle du massacre parisien précipite une vague d’assassinats : on recense plus de 2 000 morts dans le seul Languedoc en moins d’un mois. La peur de l’extermination religieuse radicalise les positions : la « guerre des malcontents » (1575-1576) secoue à la fois le Nord du royaume et le Midi. Les chefs protestants du Languedoc créent une « Confédération des Églises réformées », préparant l’éphémère paix de Beaulieu (1576).
À la fin des années 1570, la Ligue catholique gagne du terrain, entretenue par l’Espagne et Rome. Nombre de cités – Narbonne, Béziers – voient leur clergé mobiliser la population contre l’« hérésie » réformée. Le pouvoir protestant s’organise, inventant ce que G. Cholvy nomme une « proto-république » protestante : budget autonome, levée d’impôts, justice confessionnelle distincte (cf. Pouvoirs, 2008). C’est dans ce contexte qu’apparaît la figure de « chefs de guerre » comme Damville, ou l’action diplomatique de Condé, Sully et Duplessis-Mornay.
Après d’ultimes soubresauts, jalonnés de sièges et de massacres locaux, la conversion d’Henri IV au catholicisme prépare la paix religieuse. L’Édit de Nantes (13 avril 1598) entérine un compromis « à la languedocienne » :
Mais la vie protestante demeure sous surveillance. L’hostilité ressurgit souvent (destruction partielle du temple de Montpellier en 1621) et prépare les décennies de clandestinité qui suivront la révocation de l’Édit en 1685.
Les guerres de religion en Languedoc n’ont pas seulement été une succession de batailles. Elles ont façonné un ethos régional : pluralité, esprit frondeur, goût de l’organisation communautaire. Elles ont aussi laissé des traces dans la toponymie (nombre de hameaux « du Temple », « du Désert »), dans les généalogies, et même dans certains paysages de vignes plantées par des familles réfugiées. Aujourd’hui encore, le souvenir de places protestantes, de la résistance cévenole, des cités-refuges retentit dans la culture locale. Les chemins du Désert, les récits de transmission et l’attachement à la liberté de conscience – rarement née de la seule doctrine, plus souvent forgée dans l’épreuve – demeurent vivaces. Cette histoire, âpre et lumineuse, éclaire encore le regard porté sur les questions d’altérité confessionnelle, de fraternité et de mémoire partagée dans le Midi.